Le Comité directeur est l’organe suprême d'une caisse de compensation professionnelle. Il est composé de représentants venant des associations fondatrices. Lui incombe notamment l’organisation interne de la Caisse, la nomination de son gérant, la fixation des contributions aux frais administratifs, la demande de révisions de la Caisse ainsi que l’approbation des comptes et du rapport annuels (art. 58 LAVS).

Depuis le 1^er janvier 2023, le comité directeur de la caisse de compensation medisuisse est composé comme suit: