Die Familienzulagen für den nichtlandwirtschaftlichen Bereich sind seit dem 1. Januar 2009 durch das "Bundesgesetz über die Familienzulagen" bundesrechtlich geregelt. Die Familienzulagenordnungen werden durch die Familienausgleichskassen (FAK)durchgeführt.

Die medisuisse ist im Bereich der Familienzulagen wie folgt tätig:

mit verbandseigenen Familienausgleichskassen in den Kantonen
•  Aargau
•  Appenzell Ausserrhoden
•  Basel-Landschaft
•  Basel-Stadt
•  Bern
•  Glarus
•  Jura
•  Luzern
•  Schaffhausen
•  Solothurn (zwei Kassen)
•  St. Gallen
•  Tessin
•  Thurgau
•  Zürich (zwei Kassen)

mit einer Abrechnungsstelle für die kantonale Familienausgleichskasse in den Kantonen
•  Graubünden
•  Nidwalden
•  Obwalden
•  Schwyz
•  Uri
•  Waadt (für die Kassen der Ärzte und Zahnärzte; nur Beitragsbezug)
•  Zug

In diesen Kantonen erhebt die medisuisse Beiträge und richtet Leistungen aus.